תהליך הפעולה הבסיסי של מכונת כרסום CNC כולל בדרך כלל הפעלה, חזרה לנקודת הייחוס, קלט תוכנית, הידוק חלקי עבודה, הגדרת הכלים, עיבוד שבבי וכיבוי. יש להקפיד על נהלי הפעלה בטיחותיים במהלך הפעולה, כגון לבוש נאות ושימוש נכון בלחצן עצירת החירום.
לוח ההפעלה של מערכת CNC מורכב בדרך כלל מצג CRT, לוח MDI ולוח בקרה של כלי מכונה. תכנות היא מיומנות חיונית להפעלת מכונת כרסום CNC, הכוללת תכנות ידני ואוטומטי כאחד.
בכלי מכונות CNC כגון מרכזי עיבוד שבבי, כרסום טיפוס הפך לשיטת החיתוך הסטנדרטית-תעשייתית בשל חיי הכלים הארוכים יותר ופחות פטפוטים.
בחירת פרמטרי החיתוך חייבת לפעול לפי עקרונות מסוימים: חיספוס מכוון לשיעורי הסרת מתכות גבוהים, בעוד שגימור מכוון לאיכות פני שטח גבוהה. ניתן לחשב פרמטרים מרכזיים כגון מהירות חיתוך Vc וקצב הזנת טבלה F באמצעות נוסחאות.